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ファイルマネージャーは、

Webブラウザからサーバー上に、ファイルのアップロードやダウンロード、
ディレクトリの作成、変更などの、操作を行う機能で、

FTPソフトに代わって、ファイルの管理をすることができます。

ほとんどのレンタルサーバーで、
標準的に用意されて各社、それぞれ使い方等は異なります。

ただ、レンタルサーバーの
ファイルマネージャーは、アップする容量の制限があったり

フォルダのアップロードができず、
予めフォルダーを作成して、その中にアップロードする事になります。

ファイルを一度に
アップロードしたい時などは、ちょっと不便です。

そういった部分でも、FTPソフトを利用してる方がほとんどです。

どちらからと言うと、
FTP使う方が効率的ではないでしょうか
FTPとは